Контакты

EPAM вновь выступил партнером ежегодной летней научно-образовательной школы для молодых ученых по биоинформатике

Москва, Россия – 21 сентября 2017 г. – Компания EPAM (NYSE: EPAM), крупнейший разработчик заказного программного обеспечения, вновь выступила партнером летней школы по биоинформатике, которая проходила с 31 июля по 5 августа в Москве. Школа была организована Институтом биоинформатики.

Летняя школа по биоинформатике проводится уже в пятый раз. В этом году главной темой программы стал интеллектуальный анализ данных в медицине и биологии. Студенты-биологи изучали методы работы машинного обучения и нейронных сетей, а студенты-математики и программисты пытались понять, как применять эти методы в науке. На лекциях от ведущих ученых из России, США, Германии и Испании участники узнали не только про интеллектуальный анализ данных, но и о других развивающихся областях биоинформатики: онкогеномике, мультиомике, моделировании, фолдинге белков и других направлениях.

Кроме лекций в рамках школы проводились практические занятия, чтобы показать начинающим биоинформатикам, как реализовывать методы машинного обучения на языках R и Python. Логическим завершением погружения в тему анализа данных стал хакатон. EPAM предложил участникам хакатона попробовать свои силы в анализе данных single-cell RNA sequence (sc-RNAseq). Этот метод позволяет анализировать уровень экспрессии генов независимо для каждой клетки образца, что дает возможность решить проблему «усреднённых» данных, получаемых при традиционном секвенировании РНК популяций клеток.

Появление метода сделало возможным анализ клеточного многообразия в популяциях цитологически идентичных клеток, благодаря чему уже получены важные результаты в иммунологических, эмбриологических и онкологических исследованиях.

Недавно компания 10хGenomics разработала оборудование для автоматизированного высокопроизводительного проведения sc-RNASeq экспериментов, и опубликовала несколько наборов данных, на которых все желающие могут оценить возможности метода и качество получаемых результатов. В связи с этим эксперты EPAM сформулировали и предложили выполнить молодым ученым в рамках хакатона следующие задачи:

  1. Выбрать наиболее интересный набор данных из опубликованных компанией 10xGenomics или найденный самостоятельно.
  2. Провести его обработку и получить матрицу, описывающую профиль экспрессии генов в каждой клетке. Для выполения этой части задачи компанией EPAM был предоставлен вычислительный кластер и инструкция по работе с ним.
  3. Провести очистку матрицы экспресии и выполнить кластеризацию несколькими методами.
  4. Выбрать оптимальный метод кластеризации, оценить стабильность получаемых результатов.
  5. Провести анализ литературных данных и связать полученные кластеры с известными популяциями клеток.

По итогам хакатона победила команда "Хьюстон, у нас single cell RNA-seq", которой удалось добиться наилучшей точности классификации клеток из валидирующей выборки при помощи анализа имеющихся данных о профиле экспрессии генов и построенной модели машинного обучения.

Геннадий Захаров, кандидат биологических наук, ведущий бизнес-аналитик EPAM:

Биоинформатика - очень активно развивающаяся область современной биологии, и организаторы школы выполняют очень правильную и своевременную задачу, знакомя студентов с этой областью и предлагая возможность в ней поработать. А проводимые на школе общие курсы по умению программировать (командная строка, Python, R) будут полезны не только в биоинформатике, а практически в любой научной работе.

О компании EPAM

Основанная в 1993 году компания EPAM Systems (NYSE: EPAM) сегодня является ведущим мировым поставщиком услуг по разработке программного обеспечения и цифровых платформ. Используя свой многолетний технологический опыт и компетенции в сфере консалтинга, дизайна и инновационных стратегий, EPAM тесно сотрудничает со своими клиентами для создания передовых решений, которые превращают сложные бизнес-задачи в реальные бизнес-возможности. Команды профессионалов EPAM работают с заказчиками в более чем 25 странах в Северной Америке, Европе, Азии и Австралии. EPAM занимает 12 место в списке Forbes «25 cамых быстрорастущих публичных технологических компаний», 1 место среди поставщиков ИТ-услуг в списке Fortune «100 самых быстрорастущих компаний» и является крупнейшим разработчиком программного обеспечения в России по итогам 2015 года по мнению издания «Коммерсант Деньги».

Более подробная информация доступна на www.epam-group.ru

Об Институте биоинформатики

Институт биоинформатики - некоммерческая организация, которая занимается подготовкой высококвалифицированных специалистов в области биоинформатики и популяризацией биоинформатического знания в России. Миссия Института — становление России как мирового исследовательского центра в области биоинформатики.

Институт биоинформатики проводит научно-образовательные мероприятия для уже состоявшихся специалистов, как биологического, так и технического профиля, которые хотят повысить свою квалификацию и получить актуальные знания в области. В 2015 году в Институте открылось исследовательское подразделение.

Более подробная информация доступна на bioinformaticsinstitute.ru

 

 

Заявления прогнозного характера

Настоящий пресс-релиз содержит заявления прогнозного характера, как они определяются положением о безопасной зоне Закона США «О реформе судебных разбирательств по частным ценным бумагам» от 1995 года. Точность заявлений прогнозного характера связана с рисками, неопределенностями и предположениями в отношении будущих событий, которые могут оказаться неверными. Факторы, которые могут привести к существенным различиям между фактическими результатами и заявлениями прогнозного характера, в прямой или косвенной форме включают в себя общие экономические условия и факторы, рассмотренные в нашем последнем годовом отчете по форме 10-К и в других отчетах компании, которые подавались в Комиссию по ценным бумагам и биржам США. EPAM не берет на себя никаких обязательств обновлять или пересматривать заявления прогнозного характера при появлении новой информации, возникновении каких-либо событий или в любых других случаях, за исключением ситуаций, когда это требуется в соответствии с действующим законодательством.